Доктора редко используют операцию как метод лечения интерстициального цистита в связи с тем, что удаление части или всего мочевого пузыря не уменьшает боль и может привести к другим осложнениям.  Люди с тяжелой болью и люди, у которых мочевой пузырь удерживать только очень маленькие объемы мочи, являются возможными кандидатами на оперативное лечение, но даже тогда операцию обычно планируют только после того, как другие методы лечения не дали эффекта..

Хирургические методы лечения интерстициального цистита включают:

• Увеличение мочевого пузыря. Во время этой операции  хирурги удаляют поврежденную часть мочевого пузыря и заменяют его  частью толстой кишки, но боль все еще остается, и некоторым женщинам приходится освобождать свои мочевые пузыри при помощи катетера несколько раз в день
• Фульгурация (разрушение ткани). Этот минимально инвазивный метод, в ходе которого через мочеиспускательный канал вводятся инструменты  для того, чтобы сжечь язвы слизистой оболочки, которые могут возникать при интерстициальном (внутритканевом) цистите.
•  Резекция. Это другой минимально инвазивный метод, при котором через мочеиспускательный канал вводят инструмент для иссечения язв слизистой оболочки.  

Фульгурация и резекция не всегда эффективны  и могут значительно ухудшить Ваше состояние.