Инфекции мочевыводящих путей типично встречаются, когда бактерии попадают в мочевые пути через уретру и начинают размножаться. Мочевая система устроена таким образом, чтобы не пустить таких микроскопических захватчиков. Мочевой пузырь секретирует защитное покрытие, которое препятствует тому, чтобы бактерии прикрепились к его стенке. У мочи также есть антибактериальные свойства, которые ингибируют рост бактерий. Однако существуют определенные факторы, которые увеличивают возможности бактерий задерживаться и размножаться в мочевых путях, вызывая инфекцию.

Бактериальные инфекции мочевого пузыря могут встречаться у женщин как результат полового акта. Во время половой активности бактерии могут попасть в мочевой пузырь через уретру. Но даже сексуально неактивные девочки и женщины восприимчивы к инфекциям нижнего отдела мочевых путей, потому что женская половая область часто содержит бактерии, которые могут вызвать цистит.

Большинство случаев цистита вызвано Кишечной палочкой (E. coli), разновидность бактерий, которые часто встречаются в половой области. Новые штаммы устойчивых к антибиотикам E. coli могут быть причиной все более и более сложного лечения инфекций мочевыводящих путей у женщин.